A denominação de “vila-museu” ganha mais força com a inauguração do Núcleo Museológico da Igreja Matriz.
Instalado na cave da antiga sacristia daquela Igreja, o Núcleo resulta do trabalho da autarquia e do Campo Arqueológico de Mértola. A intervenção, realizada entre 2003 e 2014, trouxe à luz do dia importantes vestígios dos templos anteriores à actual Igreja que remontam ao século VI. A presença de romanos, muçulmanos e cristãos é bem notória no novo espaço, assim como em toda a vila.
O valor da intervenção ronda os 200 mil euros. Para João Serrão Martins, vice-presidente da Câmara de Mértola, o investimento é uma forma de atrair visitantes e de valorizar a história de Mértola.